[행정][조세] 최대주주의 경영권이 이전되는 과정에서 주식매수선택권을 가진 기존의 경영진이 주식매수선택권의 행사 및 주식의 양도로 경영권 프리미엄에 상당하는 금액이 포함된 대금을 받은 사안에서, 위 대금에는 동반매도참여권의 대가 또는 경영권 양도에 적극적으로 협조한 것에 대한 대가가 포함된 것으로 볼 수 있으므로, 경영권 프리미엄에 상당하는 금액은 실지거래가액으로 양도소득으로 과세될 수 있을지언정 주식매수선택권 행사에 따른 근로소득으로 과세될 수 없다고 판단한 사례(2024구합77099)
- 1 - 서 울 행 정 법 원 제 8 부 판 결 사 건 2024구합77099 종합소득세경정거부처분취소 원 고 A 피 고 성북세무서장 변 론 종 결 2025. 6. 18. 판 결 선 고 2025. 7. 16. 주 문 1. 피고가 2023. 5. 3. 원고에게 한 별지 1 기재 각 종합소득세 경정청구 거부처분을 모두 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다. 이 유 1. 처분의 경위 - 2 - 가. 원고의 지위 및 B의 주주 변동 1) B(변경 전 상호: C)는 각종 공업용 가스의 제조ㆍ판매 등을 영위하는 회사이고, 원고는 2008. 6. 12.부터 2020. 2. 6.까지 B의 이사였던 자로서 2014. 6. 27.부터 2020. 2. 6.까지 B의 공동대표이사였다. 2) D는 사모펀드인 E가 설립한 회사로서 2017. 3. 23. B의 발행주식 전부(주식매 수선택권 행사에 따른 발행주식 포함)를 1주당 250,985원에 인수하여 1인 주주가 되었 다. 3) F는 사모펀드인 G가 설립한 회사로서 2020. 2. 6. B의 발행주식 전부(주식매수 선택권 행사에 따른 발행주식 포함)를 1주당 460,824원에 인수하여 1인 주주가 되었 다. 나. 원고의 제1차 주식매수선택권 행사 및 주식 양도 1) B는 2014. 10. 22. 주주총회를 개최하여 원고에게 ① 1주당 91,413원에 B의 주 식 127,681주를 인수할 수 있는 권리와 ② 1주당 114,266원에 B의 주식 92,944주를 인수할 수 있는 권리를 부여하였다[이하 위 220,625주(= 127,681주 + 92,944주)를 인 수할 수 있는 주식매수선택권을 통틀어 ‘제1차 주식매수선택권’이라 한다]. 2) D는 2017. 3. 23. B의 발행주식 전부(주식매수선택권 행사에 따른 발행주식 포 함)를 인수하였는데, 원고는 같은 날 제1차 주식매수선택권을 전부 행사한 다음, D에 제1차 주식매수선택권의 행사로 얻은 주식 220,625주 전부를 1주당 250,985원(이하 ‘제1차 매매사례가액’이라 한다)에 양도하였다. 3) 원고는 제1차 매매사례가액이 제1차 주식매수선택권 행사 당시의 시가에 해당 한다고 보아, 행사가액(127,681주에 대하여는 1주당 91,413원, 92,944주에 대하여는 1 - 3 - 주당 114,266원)을 공제한 차액인 33,081,521,210원[= 220,625주 × 1주당 250,985원 - (127,681주 × 1주당 91,413원 + 92,944주 × 1주당 114,266원), 계산상 차이는 반올림 오차 때문으로 보임]을 2017년의 근로소득으로 하여 종합소득세 신고ㆍ납부를 하였다. 다. 원고의 제2차 주식매수선택권 행사 및 주식 양도 1) B는 2017. 8. 17. 주주총회를 개최하여 원고에게 1주당 251,167원에 B의 주식 250,061주를 인수할 수 있는 권리를 부여하였다(이하 ‘제2차 주식매수선택권’이라 한 다). 2) F는 2020. 2. 6. B의 발행주식 전부(주식매수선택권 행사에 따른 발행주식 포 함)를 인수하였는데, 원고는 같은 날 제2차 주식매수선택권을 전부 행사한 다음, F에 제2차 주식매수선택권의 행사로 얻은 주식 250,061주 전부를 1주당 460,824원(이하 ‘제2차 매매사례가액’이라 한다)에 양도하였다. 3) 원고는 제2차 매매사례가액이 제2차 주식매수선택권 행사 당시의 시가에 해당 한다고 보아, 행사가액(1주당 251,167원)을 공제한 차액인 52,427,148,494원(= 250,061 주 × 1주당 460,824원 – 250,061주 × 1주당 251,167원), 계산상 차이는 반올림 오차 때문으로 보임]을 2020년의 근로소득으로 하여 종합소득세 신고ㆍ납부를 하였다. 라. 이 사건 처분 원고는 2021. 10. 22. 피고에게 ‘제1, 2차 매매사례가액에는 경영권 프리미엄이 포 함되어 있으므로 제1, 2차 주식매수선택권 행사 당시의 시가에 해당한다고 볼 수 없고, 제1, 2차 매매사례가액에서 상속세 및 증여세법(이하 ’상증세법‘이라 한다) 제63조 제3 항에서 정한 최대주주 할증률을 역으로 적용하여 할인한 가액이 시가에 해당한다고 보 아야 한다. 위 가액을 시가로 볼 수 없다면 시가를 산정하기 어려운 경우에 해당하므 - 4 - 로 상증세법상 보충적 평가방법에 따른 가액에 의하여야 한다’고 주장하면서 별지 1 기재와 같이 2017년, 2020년 귀속 각 종합소득세 합계 13,128,312,041원(2017년 5,061,878,368원 + 2020년 8,066,433,673원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고가 2023. 5. 3. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5 내지 9호증(가지번호 있는 것은 가지 번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 관계 법령 별지 2 기재와 같다. 3. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단 가. 쟁점의 정리 제1, 2차 매매사례가액이 원고가 제1, 2차 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 양도 당시 실지거래가액1)에 해당하고, 위 각 가액이 B의 발행주식 전부(주식매수선택 권 행사에 따른 발행주식 포함)를 B의 경영권과 함께 양도하는 과정에서 형성된 가격 이라는 점에 관하여는 당사자 사이에 별다른 다툼이 없다. 이하에서는 주식매수선택권 행사이익과 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 처분이익이 어떻게 과세되는지, 경 영권이 이전되는 과정에서 기존의 경영진이 지급받는 대가가 어떻게 과세되는지 살펴 본 뒤, 경영권 프리미엄이 포함된 주식의 양도 당시 실지거래가액을 주식매수선택권 행사 당시의 시가로 볼 수 있는지 살펴본 다음, 이 사건 처분의 위법 여부에 관하여 살펴보기로 한다. 나. 주식매수선택권 행사이익에 관한 종합소득(근로소득) 과세 1) 실지거래가액은 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하며, 객관적 교환가치를 반영하는 일반적인 시가와는 구분되는 개념이다. - 5 - 1) 상법 제340조의2 제1항에 따르면, 주식매수선택권이란 회사가 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회 특별결의로 회사의 설립･경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여 할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(이하 '임직원'이라 한다)에게 미 리 정한 가액, 즉 행사가액으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있도록 부여한 권리를 말한다. 2) 소득세법 시행령 제38조 제1항이 2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되 면서 제17호가 신설되어 ‘법인의 임직원이 해당 법인등으로부터 부여받은 주식매수선 택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중2) 행사함으로써 얻은 이익'이 근로소득의 하 나로 규정되었고, 위 시행령 개정 전의 사안에서도 판례는 주식매수선택권 행사이익을 소득세법 제20조 제1항 제1호에서 정한 '근로를 제공함으로써 받는 봉급 등과 유사한 성질의 급여'에 해당하는 근로소득이라고 판시한 바 있다(대법원 2006. 10. 13. 선고 2005두11203 판결 참조). 3) 주식매수선택권은 그 행사 여부가 전적으로 이를 부여받은 임직원의 선택에 맡 겨져 있으므로 단순히 주식매수선택권의 부여 자체만으로는 어떠한 소득이 발생되었다 고 볼 수 없고, 주식매수선택권을 행사하여 주식을 취득함으로써 비로소 해당 주식의 시가와 주식매수선택권 행사가액의 차액에 상당하는 경제적 이익이 확정 내지 현실화 된다고 할 것이므로 위 행사 시점에 그로 인한 소득이 발생하게 된다(대법원 2007. 11. 15. 선고 2007두5172 판결 참조). 4) 소득세법 제24조 제2항은 금전 외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다고 정하고 있고, 소득세법 시행령 제38조 제1항 2) 반면 소득세법 제21조 제1항이 2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되면서 제22호가 신설되어 ‘퇴직 후 또는 고용관계 없이 주식매수선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻은 이익’이 기타소득의 하나로 규정되었다. - 6 - 제17호는 주식매수선택권을 행사함으로 인하여 얻은 이익이 ’주식매수선택권 행사 당 시의 시가와 실제 매수가액과의 차액‘을 말한다고 정하고 있다. 5) 소득세법 제4조 제1항 제1호 (라)목에 따르면 근로소득은 종합소득에 해당하고, 소득세법 제55조 제1항에 따르면 종합소득에 관하여는 6%부터 45%까지의 누진세율이 적용된다. 다. 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 처분이익에 관한 양도소득 과세 1) 소득세법 제96조 제1항에 따르면, 양도차익을 계산할 때 양도가액은 양도 당시 의 실지거래가액에 따르므로, 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 양도하는 경 우 양도 당시의 실지거래가액에서 취득가액(소득세법 제97조 제1항 제1호에 따르면, 취득가액은 원칙적으로 자산 취득에 든 실지거래가액을 말한다)을 공제한 양도차익에 대하여 양도소득세가 부과된다. 2) 소득세법 제104조 제1항 제11호에 따르면, 1년 미만 보유한 중소기업 외의 법 인의 비상장주식 양도에 관하여는 대주주인 경우 30%, 대주주가 아닌 경우 20%의 단 일세율이 적용된다. 라. 경영권이 이전되는 과정에서 기존의 경영진이 지급받는 대가에 관한 과세 문제 1) 경영권이 이전되는 과정에서 기존의 경영진이 경영권 양도인 또는 경영권 양수 인으로부터 경영권 양도에 적극적으로 협조한 것에 대한 대가를 받는 경우가 있을 수 있다. 기존의 경영진이 주식을 보유하고 있는 경우에는 일괄매각을 통하여 경영권 양 도인과 동일한 가격에 경영권 프리미엄을 붙여 주식을 양도할 수 있도록 하는 방법으 로 대가가 지급될 수 있고, 기존의 경영진이 경영권 양도인에 대하여 동반매도참여권 (tag-along)을 보유하고 있는 경우에는 최대주주가 아니더라도 경영권 프리미엄에 상당 - 7 - 하는 금액을 향유할 수 있는 지위에 있게 된다. 2) 기존의 경영진이 주식 거래를 수반하지 않고 경영권 양도인 또는 경영권 양수 인으로부터 경영권 양도에 적극적으로 협조한 것에 대한 대가를 받는 경우, 경영권 그 자체가 독립된 거래의 객체로 된다고 볼 수는 없으므로(대법원 1989. 7. 11. 선고 88누 12011 판결 참조), 소득세법 제21조 제1항 제17호에서 기타소득으로 정한 ’사례금‘에 해당하여 그에 따른 과세가 이루어질 것이다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판 결, 대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두44335 판결, 대법원 2013. 9. 13. 선고 2010두 27288 판결 등 참조). 3) 반면 기존의 경영진이 일괄매각을 통하여 경영권 양도인과 동일한 가격에 경영 권 프리미엄을 붙여 주식을 양도하는 경우, 경영권 프리미엄에 상당하는 금액에 대하 여 양도소득세가 부과될 것이다. 양도차익 산정에 있어서 기준이 되는 실지거래가액은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체를 의 미하므로 주식양도대금이 회사 경영권의 양도를 수반하게 된 때문에 실제의 시가보다 높게 평가될 여지가 있었더라도 그 대금이 실지양도가액임에는 변함이 없기 때문이다 (대법원 1989. 7. 11. 선고 88누12011 판결 참조). 마. 경영권 프리미엄이 포함된 주식의 가격이 주식매수선택권 행사 당시 시가인지 1) 회사의 발행주식을 회사의 경영권과 함께 양도하는 경우에, 거래가격은 주식만 을 양도하는 경우의 객관적 교환가치를 반영하는 일반적인 시가로 볼 수 없으므로(대 법원 2015. 11. 26. 선고 2014두335 판결 참조), 주식을 회사의 경영권과 함께 양도하 는 경우 그 실지거래가액을 바로 시가로 인정하기는 어렵다. 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액이 아니라 기준시가에 따랐던 시기 - 8 - 에 선고된 대법원 1989. 7. 25. 선고 88누9565 판결은, “당해 사건의 원고를 포함한 회 사의 전 주주들이 그 주식 전부와 회사 및 경영권 일체를 경영권 양도인에게 양도3)하 였으므로, 회사의 경영권을 포함한 주식매매대금을 주식만의 적정가격이라고 단정하기 어려움에도 당해 사건의 피고가 그 양도의 실지거래가액을 바로 시가로 인정한 것은 위법하다”라고 판시한 바 있다. 2) 이에 관하여 피고는, 대법원 2011. 7. 28. 선고 2008두21614 판결을 원용하면서 ’경영권 프리미엄이 수반되는 대량의 주식을 취득하는 경우에도 그것이 일반적이고 정 상적인 방법에 의하여 이루어지고 그 주식의 약정가격이 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다면 이를 그 주식의 시가로 볼 수 있다‘고 주장한다. 그러나 위 대법원 판결은 자산의 교환으로 발생하는 수익으로서 익금에 산입하여 야 할 금액에 해당하는 ’교환으로 취득하는 자산의 취득 당시 시가‘가 문제된 사안에 대한 것으로, ’교환으로 취득하는 자산‘에 해당하는 ’경영권 프리미엄이 포함된 주식‘의 시가를 산정할 때 약정가격이 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다면 이를 ’경영권 프리미엄이 포함된 주식‘의 시가로 볼 수 있다는 취지일 뿐, 위 1)항 기 재 법리에도 불구하고 경영권 프리미엄이 수반된 주식의 실지거래가액을 주식 자체의 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가로 인정할 수 있다는 취지라고 보기 어렵 다. 3) 양도인이 보유한 주식이 양수인 입장에서 ’경영권 프리미엄이 수반되는 대량의 주식을 취득하는 경우‘에 해당하여 ’경영권 프리미엄이 포함된 주식‘에 해당하는지는 양도인이 주식매수선택권을 행사할 때 확정 내지 현실화되는 것이 아니고, 주식매수선 3) 피고가 주장하는 ‘경영권의 이전이 수반되는 대량거래의 일부인 경우’에 해당하였던 것으로 보인다. - 9 - 택권 행사로 취득한 주식을 양도할 때 확정 내지 현실화되는 것이므로, 추후 양도가액 에 경영권 프리미엄에 상당하는 금액이 포함된다고 하여 소급하여 ’주식매수선택권 행 사 당시의 경영권 프리미엄이 포함된 주식의 시가와 실제 매수가액과의 차액‘이 주식 매수선택권을 행사함으로 인하여 얻은 이익에 해당한다고 보기는 어렵다. 경영권 프리미엄이 포함된 주식의 양도가액, 즉 실지거래가액에 포함된 경영권 프 리미엄에 상당하는 금액은 주식과 별개의 권리인 동반매도참여권(tag-along)의 대가 또 는 경영권 양도에 적극적으로 협조한 것에 대한 대가라고 보일 뿐, 주식 자체의 객관 적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가라고 보기 어렵고, 경영권 프리미엄에 상당하 는 금액은 실지거래가액으로 양도소득으로 과세될 수 있을지언정 근로 제공의 대가로 서 근로소득으로 과세될 수 있다고 보기 어렵다. 따라서 경영권 프리미엄이 수반된 주식의 실지거래가액은 주식매수선택권 행사 당 시의 시가에 해당한다고 볼 수 없고, 주식매수선택권의 행사와 주식의 양도가 동일한 기회에 이루어져 주식매수선택권의 행사 당시 경영권 프리미엄에 상당하는 금액을 향 유할 수 있음을 어느 정도 예상할 수 있다고 하더라도 마찬가지이다. 바. 이 사건 처분의 위법 여부 1) 앞서 든 증거, 갑 제12, 14, 16호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 당초 B는 원고의 부친인 H가 대표자로 있는 I가 발행주식 전부(지분율 100%)를 보 유하고 있었다가, I가 2014. 8. 29. 보유 지분의 60%를 매각함에 따라 J의 완전자회사 가 무한책임사원 겸 업무집행사원인 K가 지분율 48.45%(특수관계인의 지분 포함)의 최 대주주가 된 사실, ② I와 K 등은 2014. 5. 20. 투자자 간 계약서를 작성하였는데, 그 계약에는 I와 B로부터 주식매수선택권을 부여받은 고위 임원 등에게 동반매도참여권 - 10 - (tag-along)을 부여하기로 하는 내용이 포함되어 있는 사실, ③ 제1차 매매사례가액은 최대주주가 된 K가 D를 설립한 E와의 교섭을 통하여 형성한 가격으로 D는 위 교섭에 따른 거래로 B의 1인 주주가 되어 경영권 내지 지배권을 행사할 수 있게 된 사실, ④ 제2차 매매사례가액 역시 최대주주가 된 D가 F를 설립한 G와의 교섭을 통하여 형성한 가격으로 F는 위 교섭에 따른 거래로 B의 1인 주주가 되어 경영권 내지 지배권을 행 사할 수 있게 된 사실을 인정할 수 있고, 경영권 양도인인 K나 E가 설립한 D가 경영 권에 대한 대가를 지급받지 않고 경영권을 이전할 수밖에 없는 특별한 사정이 있었다 고 볼 만한 아무런 자료가 없다. 지배주주가 보유하는 주식에는 특별한 사정이 없는 한 경영권 프리미엄이 포함되 어 있고 그 주식이 금전가치를 가지는 이상 기업의 지배권이 경제적으로 전혀 가치를 인정받지 못하는 경우는 극히 예외적인 경우라고 할 것이며, 경영권 인수 당시 기업가 치(Enterprise Value, EV)가 상각 전 영업이익(Earnings Before Interest, Taxes, Depreciation and Amortization, EBITDA)에 EV/EBIDA 배수를 곱한 값에 기초하여 평 가되었다고 하여 그 인수가격에 경영권 프리미엄이 포함되지 않았다고 단정하기는 어 렵다. 원고는 제1차 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식에 관하여 동반매도참여권 (tag-along)을 보유하고 있어 최대주주가 아님에도 경영권 프리미엄에 상당하는 금액을 향유할 수 있는 지위에 있었고, 원고가 제2차 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식 에 관하여 일괄매각을 통하여 최대주주(1인 주주)와 동일한 가격에 경영권 프리미엄을 붙여 주식을 양도할 수 있었던 것은 매도와 동시에 공동대표이사에서 사임하는 등 선 대로부터 이어진 경영권의 양도에 적극적으로 협조한 것에 대한 대가를 받은 것으로 - 11 - 볼 여지가 있다. 그렇다면 제1, 2차 매매사례가액에는 경영권 프리미엄에 상당하는 금액이 포함되 어 있다고 봄이 타당하다. 2) 이에 대하여 피고는, 제1, 2차 매매사례가액이 기재된 각 주식양수도계약서에 “경영권 프리미엄”이라는 기재가 없고, 원고가 2017. 8. 17. 제2차 주식매수선택권을 부여받을 당시 행사가액이 제1차 매매사례가액(1주당 250,985원)과 유사한 1주당 251,167원으로 결정되었다는 점을 들어 제1, 2차 매매사례가액이 제1, 2차 주식매수선 택권 행사 당시의 시가에 해당한다고 주장한다. 그러나 위 각 주식양수도계약은 원고가 경영권 양도인과 함께 양도인이 되어 경영 권 양수인과 체결한 것으로 경영권의 이전이 수반되는 것임이 분명하고, 경영권 그 자 체가 독립된 거래의 객체로 된다고 볼 수 없는 이상 계약서에 ’경영권 프리미엄‘에 관 한 별도의 약정을 하지 않는 것이 이례적이라고 보기 어려우며, 상법 제340조의2 제4 항은 주식매수선택권의 행사가액은 부여일을 기준으로 한 주식의 실질가액 ’이상‘이어 야 한다고 규정하고 있을 뿐이어서, 제2차 주식매수선택권의 행사가액이 1주당 251,167원으로 결정되었다고 하여 부여 당시의 시가가 위 행사가액에 상응한다고 단정 하기는 어렵다. 3) 앞서 본 법리에 따르면, 경영권 프리미엄이 수반된 주식의 실지거래가액에 해 당하는 제1, 2차 매매사례가액이 제1, 2차 주식매수선택권 행사 당시의 시가에 해당한 다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되 어야 한다. 사. 취소의 범위 - 12 - 1) 당사자가 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주 장과 자료를 제출하지 아니하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우 에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 납세의무자에게 귀속될 세액을 찾아내어 부과될 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니며, 이는 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송의 경우에도 마찬가지이다 (대법원 2024. 5. 30. 선고 2021두58059 판결 참조). 2) 경영권 프리미엄의 가치는 통상 회사의 현재 및 미래 가치, 경영권 획득으로 인한 파급효과 등을 고려하여 결정되는 것이지만 궁극적으로는 거래 상대방과의 교섭 조건, 교섭능력 등에 따라 구체화될 수밖에 없는 것인데(대법원 2009. 10. 29. 선고 2008도11036 판결 참조), 각 주식양수도계약서에서 제1, 2차 매매사례가액 중 경영권 프리미엄이 차지하는 비중이 얼마인지에 관한 명시적인 기재를 찾을 수 없고, 원고의 의뢰에 따라 L회계법인이 2024. 8.경 사후적으로 유사기업비교법을 사용하여 산정한 제1, 2차 주식매수선택권 행사 당시 B의 주식가치는 그 객관성이 담보되지 않으므로 이를 기초로 경영권 프리미엄을 추정할 수 있다고 보기 어렵다. 상증세법 제63조 제3 항의 규정은 회사의 경영권이 정당한 조세부과를 받지 아니하고 낮은 액수의 세금만을 부담한 채 이전되는 것을 방지하기 위하여 개별 기업의 구체적인 상황을 고려하지 않 고 일정 비율을 할증하는 평가방법을 마련한 것이므로(헌법재판소 2003. 1. 30. 선고 2002헌바65 전원재판부 결정 참조), 위 규정을 역으로 적용하여 일정 비율을 할인하는 방법으로 경영권 프리미엄에 상당하는 금액을 가려낼 수 있다고 보기도 어렵다. 그렇다면 제1, 2차 주식매수선택권 행사 당시의 시가는 시가가 불분명한 경우에 해당하여 소득세법 제24조 제2항, 제3항, 소득세법 시행령 제51조 제5항 제5호, 소득세 - 13 - 법 시행규칙 제22조의2, 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호에 따라 상증세법상 보충 적 평가방법을 준용하여 평가한 가액에 의하여야 하는데, 갑 제11호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, B의 제1차 주식매수선택권 행사 당시 상증세법상 보충적 평가 방법에 의한 가액이 1주당 118,212원이고, 제2차 주식매수선택권 행사 당시 상증세법 상 보충적 평가방법에 의한 가액이 1주당 94,258원4)인 것으로 보이기는 한다. 3) 그러나, 앞서 본 바와 같이 종합소득에 관하여는 6%부터 45%까지의 누진세율 이 적용되는바, 현재까지 제출된 자료만으로는 정당한 세액을 계산할 수 없으므로 이 사건 처분을 전부 취소하기로 한다. 4. 결론 그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한 다. 4) 다만, 주식매수선택권은 일방적 권리이므로 소득세법 시행령 제38조 제1항 제17호의 문언에도 불구하고 그 행사이익은 0 이 상의 값을 가질 것이다. - 14 - 별지 1 이 사건 처분 내역 끝. 처분청 거부처분일 세목 과세연도 경청청구세액 피고 2023. 5. 3. 종합소득세 2017 5,061,878,368원 2020 8,066,433,673원 - 15 - 별지 2 관계 법령 ▣ 소득세법 제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질 의 급여 ③ 근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제24조(총수입금액의 계산) ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다. ② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다. ③ 총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ▣ 소득세법 시행령 제38조(근로소득의 범위) ① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다. 17. 법인의 임원등이 해당 법인 또는 해당 법인과 「법인세법 시행령」 제2조제8항에 따른 특 수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 “해당 법인등”이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수 선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행 사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다) 제51조(총수입금액의 계산) ⑤ 법 제24조제2항을 적용함에 있어서 금전외의 것에 대한 수입금액의 계산은 다음 각호에 의 한다. 5. 제1호 내지 제4호외의 경우에는 기획재정부령이 정하는 시가 - 16 - ▣ 소득세법 시행규칙 제22조의2(시가의 계산) 영 제51조제5항제5호에서 “기획재정부령이 정하는 시가”라 함은 「법인세법 시행령」 제89조를 준용하여 계산한 금액으로 한다. ▣ 법인세법 시행령 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거 래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. (단서 생략) ② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계 산한 금액에 따른다. 1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경 우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래 소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에 는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다. 끝.
